《金陵十三钗》的结尾是女学生幻想着自己看到了一群女人进入教堂的那一刻。结局到此便戛然而止，那么这到底什么意思呢？
刘恒表示，当初写剧本的时候就没有考虑过这个场景，“我觉得风尘女们上车是真实感很强的结尾。如果再把赴宴那个场景加上，就好像是另外一部作品的开头，而不是这部片子的结尾，反而画蛇添足。
小说中玉墨是十三个女人中唯一活下来的，整容后的她还出席了战后的审判，以揭露敌人残害同胞的事实！
同时，玉墨也她证实了那次高层军官如何分享了她和另外十二个“女学生”：其中有2个企图用牛排刀反抗（从威尔逊教堂餐厅里带走的牛排刀），但反抗未遂，当场被杀害。
其余11个女人在日本军官享用够了后，又被发放到刚刚建立的慰安所，两三年内，相继死去，有的是试图逃亡时被击毙的，有的是染病而死，个别的自杀了。
玉墨的幸存大概应该归于她出众的相貌和格调，享受她的都是中下层军官，因此对她的把守渐渐放松，终于逃跑成功。至于她为什么要整容，答案则非常清楚：她必须换一个人才能生活下去！
据悉，原来的《金陵十三钗》是有另外的结局的。刘恒透露，其实他为《金陵十三钗》写了另外一个结局，贝尔和女学生在一艘帆船上，背景是宗教的歌声。
然后主人公在歌声中，看着烟波飘渺的江水默默流泪，“但最终电影版并没有采用我这个当初设计的诗意结局，多少有些遗憾。”
不过刘恒也直言，当了这么多年的所谓“第一编剧”，他也开始想过把导演瘾，“电影毕竟是导演的艺术，当这个故事被搬上银幕的那一刻，我的剧本就死掉了。其实我一直有个想当导演的愿望。”刘恒透露，他已经签约小马奔腾，希望尽快实现这个愿望。
早在07年，刘恒就开始着手《十三钗》的剧本创作，创作期间屡遇瓶颈。面对现场观众对影片人物缺乏层次的质疑。
刘恒表示，第一稿剧本写的很失败，当时的人物变化我都不能说服自己。后来查阅了很多资料，在南京做了很多调研了解，才慢慢过了自己这关。
“最后我看电影的时候很感动，很多桥段甚至流下流泪，我知道某些地方或许夸张了点，不符合规律，但还是打动了我心底的那根筋。那种牺牲之美让我触动。如果观众还认为有一些缺憾的话，都是在正常范围的，我们已经尽力了。”
在谈到电影和剧本的关系时，刘恒表示“电影是剧本的墓志铭”，写剧本与写小说不同，电影是导演中心制，编剧要尽量去实现导演的想法。
当影像把文字反映出来时，已经变了样子，它应该符合电影的属性，而不是文学的属性。而在说到资本和艺术的关系时，刘恒称“资本是水，艺术是船。水将船带到目的地，我完成艺术任务，你完成资本增值的任务，各得其所，我觉得这个世界就是这样，设法在局限性中去达到自己的目的。”
